Unipro UGENE объединяет различные инструменты и методы для комплексного анализа молекулярных последовательностей в единым многофункциональном интерфейсе. Открытый код проекта дает возможность вникать в детали процесса разработки.

Свойства:

• анализ, аннотирование и поиск структурных элементов
• запросы к удаленным базам данных
• высокопроизводительные оптимизации алгоритмов
• поддержка множества биологических форматов данных
• конструктор вычислительных схем, конвейерная обработка данных
• простое подключение внешних инструментов
• автоматизация небольших лабораторий через общую базу данных
• удаленные вычисления

Технологии:
C++, QT toolkit, JQuery, Java, JIRA, TeamCity

Программа GeneCut предназначена для проведения in silico экспериментов по сборке генов и молекулярному клонированию (эта функция - в процессе доработки). Результаты, полученные в программе, служат основой для последующих лабораторных экспериментов.

Основные функции программы:

• Обратная трансляция аминокислотной последовательности.
• Оптимизация кодонного состава под определённый организм.
• Исключение определённых сайтов из нуклеотидной последовательности.
• Разбиение нуклеотидной последовательности на олигонуклеотиды с последующей сборкой генов методами PCA и TBIO.
• Разбиение нуклеотидной последовательности на длинные блоки с последующей сборкой генов методами Gibson assembly и Overlap extension PCR.
• Клонирование одного или нескольких фрагментов в плазмиду методами Gibson assembly и Gateway. Функциональность пока дорабатывается.

Технологии:

C++, QT toolkit, GitLab

Биотехнологическая компания - лидер отечественного рынка по синтезу олигонуклеотидов и тест-системам для ПЦР-РВ, производит также и оборудование для молекулярного анализа. Компания обратилась к нам с запросом по улучшению программного обеспечения для генетического анализатора. Проект был успешно реализован и стал частью встроенного ПО серийно выпускаемого прибора. Это позволило совмещать данные прибора с широко используемыми международными форматами и более эффективно их обрабатывать.

Технологии:
C++, QT toolkit, Java

Софт для обработки и анализа большого количества геномных вариаций в виде однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Мощная интегрированная база данных, собранная по наиболее известным мировым источникам молекулярно-биологических данных. Графический интерфейс и потоковая обработка данных на всех стадиях существенно облегчает  работу пользователей. Промышленная бета-версия находится на стадии тестирования.

Свойства:

• база данных содержащая все известные гены, SNP и их аннотации, связь с заболеваниями, матрицы повреждающего эффекта
• мощный набор фильтров вариаций
• отбор перспективных вариаций с большим повреждающим эффектом
• быстрая обработка больших массивов данных
• разноуровневая визуализация и удобный интерфейс
• большие возможности кастомизации
• мультиплатформенность

Технологии:
C++, Qt toolkit, JIRA, JQuery, Java

Разработаны 3 специализированных алгоритма для работы с библиотеками гена 16sРНК микробиомных сообществ на базе программной платформы UGENE .

Технологии:
C++, Qt toolkit

Web-приложение с размещением на серверах Windows Azure, позволяющее детально отслеживать статус всех запущенных заданий, загрузку вычислительных мощностей и авторизацию пользователей.

Технологии:
C++, Qt toolkit, Java, MS Azure